Un microbiote sain, c’est bien, mais c’est quoi ?

L’importance du microbiote intestinal ne fait plus de doute. En revanche, définir ce qu’est un microbiote intestinal favorable à la santé reste compliqué, comme en témoigne le microbiologiste Bruno Pot, à l’occasion du World Microbiome Day.

Qu’est-ce qu’un microbiote intestinal sain ? C’est la question posée par le Pr Bruno Pot (Yakult et VUB) lors d’un séminaire organisé par Yakult Europe à l’occasion du World Microbiome Day*. Une question à laquelle on serait tenté de répondre quelque chose comme : un microbiote diversifié et abondant… C’est en tout cas ce qui a été suggéré par plusieurs travaux, mais cette réponse n’est plus satisfaisante aujourd’hui. Ou plutôt, ce n’est pas aussi simple que ça.

Il est vrai qu’au cours de l’évolution récente de l’humanité, il y a eu une perte de diversité microbienne dans nos intestins.  La raison est double : elle tient d’une part à la réduction de la consommation de fibres alimentaires (principaux substrats pour « nourrir » les micro-organismes de notre microbiote) et, d’autre part, la réduction de la consommation de micro-organismes vivants, notamment au travers d’aliments fermentés.

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Un microbiote moins diversifié n’est pas forcément mauvais signe

Bruno Pot en profite pour préciser que parmi les aliments fermentés, qui sont élaborés à partir d’une croissance souhaitée de micro-organismes, il faut distinguer deux types : certains peuvent contenir des micro-organismes vivants qui ont des effets bénéfiques prouvés, auquel cas ils peuvent être qualifiés de probiotiques, d’autres n’en contiennent pas ou pas assez (notamment après un traitement thermique) pour être qualifiés de probiotiques. L’intérêt des aliments fermentés contenant des micro-organismes vivants est qu’ils peuvent contribuer à restaurer une certaine diversité qui a été altérée par une alimentation industrialisée, et que cela accroit les interactions avec le système immunitaire.

Sur base de données aux États-Unis, on estime que l’alimentation actuelle est pauvre en micro-organismes pour la majorité de la population, et que seule 1 personne sur 5 a une alimentation riche en micro-organismes, au travers notamment de denrées fermentées non traitées thermiquement.

Cela étant dit, la diversité n’est pas tout, et elle n’est pas forcément l’indicateur miracle. Bruno Pot l’illustre par plusieurs faits :

• Les végétariens et les végétaliens présentent un microbiote moins diversifié que les omnivores, alors que leurs indicateurs de santé sont généralement meilleurs.
• Les enfants allaités ont un microbiote qui est considéré comme optimal, alors qu’il est peu diversifié (et dominé par les Bifidobactéries).
• Au niveau du microbiote vaginal, une faible diversité, dominée par des Lactobacilles, est associée à la santé.
• Deux communautés diamétralement opposées sont considérées comme également « saines » : les Hadza, qui consomment beaucoup de fibres et ont une diversité microbienne élevée, et les Inuits, qui n’en mangent que très peu, favorisant les protéines, et ont une faible diversité microbienne…

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Plus que la diversité, c’est la fonctionnalité du microbiote qui importe

Il semble donc que le microbiote évolue selon le contexte pour fournir les fonctionnalités requises pour maintenir la santé. Et Bruno Pot de conclure que ce n’est pas la diversité du microbiote le facteur le plus important, mais bien sa fonctionnalité !

Autre constat interpellant : pourquoi, avec l’âge, le microbiote s’appauvrit-il en certaines espèces (comme les Bifidobactéries) ? Est-ce une mauvaise ou une bonne chose ?

Lors du vieillissement, le coût mitochondrial augmente, ce qui engendre de nombreux effets défavorables (dommages oxydatifs, résistance à l’insuline, inflammation de bas grade, fonction musculaire altérée…). Or, on constate que le microbiote accélère l’arrêt de l’activité mitochondriale. Le « coût » mitochondrial associé à l’hébergement du microbiome augmente avec l’âge, ce qui pourrait expliquer qu’en vieillissant, l’organisme cherche à remanier son microbiome. Et on commence à trouver des « signatures » propres aux microbiotes des centenaires.

Affaire à suivre…

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