L’alimentation s’avère déterminante pour reconstituer le microbiome après un traitement aux antibiotiques. Elle est plus efficace que la transplantation microbienne pourtant très en vogue, selon ces travaux menés chez la souris.
L’alimentation représente incontestablement un facteur important qui façonne la composition du microbiome intestinal. Les fibres alimentaires, celles qui sont au moins partiellement utilisables par les micro-organismes du microbiome intestinal, représentent la principale « nourriture colique ». Une alimentation équilibrée avec une quantité suffisante de fibres de diverses origines (fruits et légumes, céréales complètes, légumineuses…) peut être considérée comme favorable au microbiome intestinal, dans la mesure où elle favorise une population microbienne abondante et diversifiée. À l’inverse, les études convergent pour indiquer qu’une alimentation dite à l’occidentale (Western-style diet – WD), grasse et pauvre en fibres alimentaires, a un effet inverse, et induit de ce fait une dysbiose. Dysbiose qui est associée à une augmentation du risque de nombreuses perturbations, métaboliques et immunitaires.
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La résilience du microbiome intestinal
Si la composition du microbiome intestinal est façonnée notamment par l’alimentation, elle n’en reste pas moins relativement stable d’une personne à l’autre. Ainsi, après un traitement aux antibiotiques qui détruit une grande partie du microbiome, celui-ci tend à retrouver sa composition initiale. C’est ce qu’on appelle la résilience du microbiome, et elle peut s’avérer plus ou moins bonne, selon différents facteurs, dont l’alimentation fait clairement partie. Ainsi, de recherches récentes ont montré que la résilience du microbiome intestinal était fortement altérée par une alimentation grasse et pauvre en fibres, et que la dysbiose peut se maintenir après un traitement aux antibiotiques.
Dans cette étude, publiée dans la revue nature, des chercheurs ont voulu en savoir plus sur la trajectoire par laquelle le microbiome intestinal retrouve sa taxonomie et ses fonctionnalités après un traitement aux antibiotiques.
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Pas d’effet pour la transplantation microbienne
Les chercheurs ont nourri des souris avec soit une alimentation normale, pauvre en graisse et riche en fibres, soit une alimentation grasse et pauvre en fibres. Ils ont constaté qu’après un traitement aux antibiotiques, seuls les animaux avec l’alimentation riche en fibres récupéraient rapidement leur microbiome d’origine.
Sur base de la modélisation métabolique, ils ont constaté que le régime riche en fibres favorisait le développement d’interactions syntrophiques croisées. À l’inverse, chez les animaux avec le régime pauvre en fibres, ils ont constaté qu’un taxon dominant monopolisait les ressources facilement disponibles, sans libérer de sous-produits syntrophiques.
Les chercheurs ont également voulu savoir dans quelle mesure la transplantation microbienne favorisait le retour à un microbiome robuste. Pour constater que cela ne fonctionnait pas, contrairement à une alimentation riche en fibres. Par ailleurs, ils ont pu montrer que la dysbiose post-antibiotique observée chez les souris mangeant peu de fibres les rend plus sensibles à l’infection par Salmonella Typhimurium. Ils concluent que leurs données tempèrent solidement l’enthousiasme général pour la transplantation du microbiote fécal, et démontrent que des interventions alimentaires spécifiques offrent une alternative plus sûre, plus naturelle et moins invasive.
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